V kvetoch Harmančeka sú zastúpené éterické oleje s bisabolom a slizové látky, ktoré zlepšujú funkciu čriev. Tým dochádza k ľahšiemu vyprázdňovaniu. Ďalej obsahujú zložky s protizápalovými a dezinfekčnými účinkami. Za špecifickou vôňou harmančeka stojí aromatická látka kumarín. Menujme si ale aj ďalšie látky v kvetoch. Nechýba v nich modrá silica, horčiny, flavonoidy, rutín, cholín, azulén, matricín alebo chamazulén. V neposlednom rade by sme v Harmančeku našli spiroétery, farnesen, polyacetylenové zlúčeniny, apigenin, natricin, hyperosid, glykozidy, kyselinu askorbovú,
niacín a tiamín. Ako vidíte, výpočet účinných látok je naozaj dlhý.